A estrutura do novo governo foi refeita. A Medida Provisória (MP) 1154/23 reestruturou a organização administrativa do Executivo e fixou o número de ministérios em 31, além de seis órgãos com status de ministério, num total de 37 ministros. A MP estabelece que não haverá aumento de despesa. Mulheres ocupam 11 pastas.
O ministério da Economia foi desmembrado em quatro pastas: Fazenda, Planejamento e Orçamento, Gestão e Inovação dos Serviços Públicos, e Desenvolvimento, Indústria e Comércio Exterior. As atribuições do Conselho de Controle de Atividades Financeiras (Coaf) vão retornar para o Ministério da Fazenda. Antes, o órgão era comandado pelo Banco Central. O conselho chegou a passar pelo Ministério da Justiça e da Economia no início do governo Bolsonaro.
O ministério da Cultura, extinto por Bolsonaro, foi recriado com a atribuição de cuidar das políticas nacionais de cultura e das artes, zelar pelo patrimônio histórico, artístico e cultural; regular os direitos autorais, entre outras finalidades. Lula cria, ainda, o Ministério dos Povo Indígenas que envolve o reconhecimento, demarcação, defesa, usufruto exclusivo e gestão das terras e dos territórios indígenas; bem como a tratar da política indigenista. No governo anterior, essas atribuições estavam inseridas e distribuídas na pasta da Agricultura e da Justiça.
Já a identificação, reconhecimento, delimitação, demarcação e titulação de terras de comunidades quilombolas; antes sob o ministério da Agricultura, agora ficará inserida nas atribuições do ministério do Desenvolvimento Agrário e Agricultura Familiar.
Veja como ficou a divisão de ministérios: Fernando Haddad (PT) – Ministério da Fazenda; Flávio Dino (PSB) – Ministério da Justiça; José Múcio Monteiro – Ministério da Defesa; Mauro Vieira – Ministério das Relações Exteriores; Rui Costa (PT) – Casa Civil; Alexandre Padilha (PT) – Secretaria de Relações Institucionais; Márcio Macedo (PT) – Secretaria-Geral da Presidência da República; Jorge Messias – Advocacia-Geral da União; Nísia Trindade – Ministério da Saúde; Camilo Santana (PT) – Ministério da Educação;Esther Dweck – Ministério da Gestão e Inovação em Serviços Públicos; Márcio França (PSB) – Ministério de Portos e Aeroportos; Luciana Santos (PCdoB) – Ministério da Ciência e Tecnologia; Cida Gonçalves – Ministério das Mulheres; Wellington Dias (PT) – Ministério do Desenvolvimento Social; Margareth Menezes – Ministério da Cultura; Luiz Marinho (PT) – Ministério do Trabalho; Anielle Franco – Ministério da Igualdade Racial; Silvio Almeida – Ministério dos Direitos Humanos; Geraldo Alckmin (PSB) – Ministério da Indústria e Comércio; Vinícius Carvalho – Controladoria-Geral da União; Gonçalves Dias – Gabinete de Segurança Institucional; Paulo Pimenta (PT) – Secretaria de Comunicação; Carlos Fávaro (PSD) – Ministério da Agricultura; Waldez Góes (PDT) – Ministério da Integração; André de Paula (PSD) – Ministério da Pesca; Carlos Lupi (PDT) – Ministério da Previdência; Jader Filho (MDB) – Ministério das Cidades; Juscelino Filho (União Brasil) – Ministério das Comunicações; Alexandre Silveira (PSD) – Ministério de Minas e Energia; Paulo Teixeira (PT) – Ministério do Desenvolvimento Agrário; Ana Moser – Ministério do Esporte; Marina Silva (Rede) – Ministério do Meio Ambiente; Simone Tebet (MDB) – Ministério do Planejamento; Daniela Souza Carneiro (União Brasil) – Ministério do Turismo; Sonia Guajajara (PSOL) – Ministério dos Povos Originários; e Renan Filho (MDB) – Ministério dos Transportes.